Cytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมีสำหรับการสังเคราะห์ RNA เป็นซับสเตรตสำหรับ RNA โพลิเมอเรสในระหว่างการถอดรหัส (transcription) ทำให้สามารถสร้างโมเลกุล RNA จากเทมเพลต DNA สารประกอบนี้ยังจำเป็นสำหรับการศึกษากลไกของเอนไซม์ โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์และการแปรรูป RNA นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในเส้นทางเมแทบอลิซึม สนับสนุนการสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์และกระบวนการถ่ายโอนพลังงานในเซลล์ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวิจัยไวรัสวิทยา ซึ่งช่วยในการทำความเข้าใจการจำลองแบบไวรัสและกิจกรรมของ RNA-dependent RNA polymerase