2'-O-Methyl-5-Methyl-U CE phosphoramidite ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์ oligonucleotides ที่ปรับแต่งแล้ว โดยเฉพาะในงานวิจัยกรดนิวคลีอิกและการพัฒนายารักษา เป็นหน่วยก่อสร้างหลักสำหรับการสร้างโมเลกุล RNA ที่มีการปรับเปลี่ยนเฉพาะ เพิ่มความเสถียรและความต้านทานต่อการย่อยสลายโดย nuclease สารเคมีนี้ถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในการพัฒนา antisense oligonucleotides, siRNA และยารักษาอื่นๆ ที่อิง RNA ซึ่งต้องการการควบคุมโครงสร้างและหน้าที่ของ RNA อย่างแม่นยำ การประยุกต์ใช้ครอบคลุมการศึกษาการแสดงออกของยีน การปิดกั้นการแสดงออกของยีน และการพัฒนาการรักษาแบบกำหนดเป้าหมายสำหรับความผิดปกติทางพันธุกรรมและโรคต่างๆ นอกจากนี้ยังใช้ในเครื่องมือวินิจฉัยและโปรบวิจัยเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกของ RNA