5'-tert-Butyldimethylsilyloxy-2'-deoxyguanosine ใช้หลักในการสังเคราะห์ oligonucleotides โดยทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้อง (protecting group) สำหรับกลุ่ม hydroxyl ใน nucleosides การประยุกต์ใช้ของสารนี้มีความสำคัญในสาขาเคมีกรดนิวคลีอิก โดยช่วยในการสร้างลำดับ DNA ทีละขั้นตอนระหว่างการสังเคราะห์แบบเฟสของแข็ง กลุ่ม tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) ให้ความเสถียรแก่ nucleoside ระหว่างปฏิกิริยาเคมี เพื่อให้มั่นใจว่าลำดับที่ต้องการถูกประกอบอย่างถูกต้อง สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนา oligonucleotides สำหรับการบำบัด เช่น ยา antisense และ siRNA ซึ่งการควบคุมโครงสร้างโมเลกุลอย่างแม่นยำจำเป็นต่อกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกการซ่อมแซม DNA และการสังเคราะห์ nucleosides ที่ถูกดัดแปลงซึ่งมีศักยภาพต้านไวรัสหรือต้านมะเร็ง