3-Deazaadenosine ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเป็นเครื่องมือในการศึกษากระบวนการเซลล์ที่เกี่ยวข้องกับอะดีโนซีนและอนุพันธ์ของมัน มักใช้ในการยับยั้งเอนไซม์ เช่น S-adenosylhomocysteine hydrolase ซึ่งมีบทบาทในปฏิกิริยาการเมทิลเลชัน โดยการยับยั้งเอนไซม์นี้ นักวิจัยสามารถตรวจสอบผลกระทบของเส้นทางการเมทิลเลชันที่ถูกขัดขวางต่อการทำงานของเซลล์และการแสดงออกของยีน นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการจำลองไวรัส เนื่องจากสามารถรบกวนการเมแทบอลิซึมของนิวคลีโอไทด์ที่จำเป็นสำหรับการเจริญเติบโตของไวรัส ในงานวิจัยมะเร็ง 3-Deazaadenosine ถูกสำรวจสำหรับศักยภาพในการปรับเปลี่ยนกลไกการปรับเปลี่ยนอีพิจีเนติก ให้ข้อมูลเชิงลึกในการพัฒนากลยุทธ์การรักษาที่มุ่งเป้าไปที่การเพิ่มจำนวนเซลล์ผิดปกติ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่ประสาทชีววิทยา ซึ่งช่วยในการทำความเข้าใจการส่งสัญญาณของตัวรับอะดีโนซีนและผลกระทบต่อความผิดปกติทางระบบประสาท