5'-O-Trt-N4-Bz-rC ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ โดยเฉพาะในการผลิตลำดับ RNA และ DNA ที่ถูกดัดแปลง มันทำหน้าที่เป็นนิวคลีโอไซด์ที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่มไตรทิลป้องกันหมู่ฮีดรอกซิล 5' และกลุ่มเบนโซอิลป้องกันหมู่แอมิโน 4 ของไซติ딘 การป้องกันนี้มีความสำคัญในระหว่างการสังเคราะห์แบบเฟสของแข็งเพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการและให้แน่ใจถึงการประกอบนิวคลีโอไทด์ที่ถูกต้อง มันเป็นตัวกลางสำคัญในการพัฒนาโอลิโกนิวคลีโอไทด์บำบัด รวมถึงยาแอนติเซนส์และ siRNA ซึ่งใช้ในการปิดยีนและบำบัดยีนแบบกำหนดเป้าหมาย นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบของกรดนิวคลีอิกและการออกแบบชีวโมเลกุลใหม่