Ribonuclease H จาก Escherichia coli มีการใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุล เนื่องจากมีความสามารถในการย่อยสลายสายอาร์เอ็นเอในไฮบริดอาร์เอ็นเอ-ดีเอ็นเอโดยเฉพาะ เอนไซม์นี้มีความสำคัญในการศึกษากระบวนการถอดรหัสย้อนกลับ (reverse transcription) โดยช่วยกำจัดเทมเพลตอาร์เอ็นเอระหว่างการสังเคราะห์ cDNA นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น RT-PCR และการจัดลำดับดีเอ็นเอ เพื่อเพิ่มความแม่นยำและประสิทธิภาพ ยิ่งไปกว่านั้น Ribonuclease H มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาการบำบัดด้วยโอลิโกนิวคลีโอไทด์แอนติเซนส์ โดยช่วยย่อยสลายโมเลกุลอาร์เอ็นเอเป้าหมายเพื่อให้เกิดการปิดยีน (gene silencing) การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การศึกษากลไกการทำซ้ำและการซ่อมแซมดีเอ็นเอ ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับกระบวนการเซลล์และเป้าหมายการรักษาที่มีศักยภาพ