แคปซาซีพีนถูกใช้เป็นสารต้านฤทธิ์ของแคปไซซิน ซึ่งเป็นสารที่ทำให้เกิดความร้อนและแสบร้อนในพริก โดยมันทำงานโดยการยับยั้งช่องไอออน TRPV1 ที่เกี่ยวข้องกับการรับความรู้สึกเจ็บปวดและอุณหภูมิสูง จึงถูกนำมาใช้ในการศึกษาเกี่ยวกับกลไกของความเจ็บปวดในงานวิจัยทางชีวการแพทย์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อเข้าใจบทบาทของช่อง TRPV1 ในการอักเสบ โรคเบาจืด และความผิดปกติของระบบประสาท แคปซาซีพีนจึงเป็นเครื่องมือสำคัญในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษาเส้นทางการส่งสัญญาณความเจ็บปวดและการพัฒนายาแก้ปวดรูปแบบใหม่