อะฟลาทอกซิน B1 ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษาผลกระทบต่อระบบชีวภาพ โดยเฉพาะบทบาทในฐานะสารก่อมะเร็งที่มีศักยภาพสูง มันถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการศึกษาทางพิษวิทยาเพื่อทำความเข้าใจกลไกของความเสียหายต่อตับและการพัฒนามะเร็ง นักวิจัยใช้มันเพื่อตรวจสอบผลกระทบต่อการสังเคราะห์ DNA, RNA และโปรตีน รวมถึงสำรวจเส้นทางกำจัดสารพิษที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ ยังเป็นเครื่องมือสำคัญในการพัฒนาและทดสอบวิธีการตรวจจับและลดการปนเปื้อนของอะฟลาทอกซินในอาหารและผลิตภัณฑ์ทางการเกษตร การประยุกต์ใช้ของมันยังมีความสำคัญในการประเมินประสิทธิภาพของการรักษาหรือมาตรการป้องกันความเสี่ยงต่อสุขภาพที่เกิดจากอะฟลาทอกซิน