เอนโดนิวคลีเอส AscI ใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุลเพื่อตัด DNA ในตำแหน่งเฉพาะ ซึ่งช่วยในการวิเคราะห์และจัดการกับสารพันธุกรรม โดยเฉพาะในการโคลนนิ่งยีนและการสร้างแผนที่พันธุกรรม เอนไซม์นี้มีความแม่นยำสูงในการจดจำลำดับเบสเฉพาะ ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในห้องปฏิบัติการสำหรับการศึกษาดีเอ็นเอและการดัดแปลงพันธุกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการสร้างเวกเตอร์สำหรับการถ่ายยีนและการผลิตโปรตีนรีคอมบิแนนท์ ซึ่งมีประโยชน์ในการพัฒนายาและวัคซีน