ใช้ Mitotracker Red ในการติดฉลากไมโทคอนเดรียในเซลล์ที่ยังมีชีวิต เพื่อติดตามโครงสร้างและการทำงานของไมโทคอนเดรียภายใต้กล้องจุลทรรศน์แบบฟลูออเรสเซนส์ สารนี้สะสมในไมโทคอนเดรียที่ทำงานได้เนื่องจากศักย์ไฟฟ้าของเยื่อหุ้ม สามารถใช้ร่วมกับตัวเครื่องหมายเรืองแสงอื่นๆ สำหรับการศึกษาการกระจายตัวร่วมกัน (co-localization) และเหมาะสำหรับการถ่ายภาพเซลล์ที่มีชีวิต เหมาะสำหรับศึกษาการทำงานของไมโทคอนเดรีย สุขภาพเซลล์ การตายของเซลล์ (apoptosis) และกิจกรรมเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังใช้ใน flow cytometry เพื่อประเมินมวลไมโทคอนเดรียและศักย์เยื่อหุ้มในประชากรเซลล์ สารนี้สามารถแทรกตัวเข้าไปในไมโทคอนเดรียได้ดีและให้สัญญาณเรืองแสงที่คงทน ทำให้เหมาะกับการถ่ายภาพระยะยาวและการวิเคราะห์การกระจายตัวของไมโทคอนเดรียในเซลล์