Phospho-Protein Extraction Buffer II ใช้ในการแยกโปรตีนที่ถูกฟอสโฟรีเลต (phosphorylated proteins) จากเซลล์หรือเนื้อเยื่อ ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการศึกษากระบวนการส่งสัญญาณภายในเซลล์ (cell signaling pathways) และกลไกการควบคุมการทำงานของโปรตีน โดยบัฟเฟอร์นี้ช่วยในการละลายและรักษาสถานะการฟอสโฟรีเลตของโปรตีนให้คงที่ ทำให้สามารถวิเคราะห์โปรตีนเหล่านี้ด้วยเทคนิคต่างๆ เช่น เวสเทิร์น บล็อตติ้ง (Western blotting) หรือแมสสเปกโตรเมทรี (mass spectrometry) นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยโรคที่เกี่ยวข้องกับการทำงานผิดปกติของโปรตีน เช่น มะเร็ง และโรคทางระบบประสาท