2,4-Hexadiyne-1,6-diol ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โครงสร้างไดอะซีทีลีนของมันทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาโพลีเมอร์ที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และแสงที่เป็นเอกลักษณ์ นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการเตรียมสารเคมีพิเศษ รวมถึงผลึกเหลวและวัสดุขั้นสูงสำหรับโฟโตนิกส์ นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับไดไนน์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาเคมีสังเคราะห์