ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่ต้องการการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกสรรของวงแหวนอะโรมาติก หมู่ไอโซธิโอไซยานัตของมันทำปฏิกิริยากับอะมีนและไทออลได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าการเตรียมอนุพันธ์ไทโอยูเรียและสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก นอกจากนี้ยังใช้ในเคมียารักษาในการสร้างตัวยับยั้งคินาสและสารต้านจุลินทรีย์ เนื่องจากมีอะตอมฮาโลเจนหลายตัว จึงเป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง เช่น Suzuki และ Heck reactions ซึ่งช่วยในการสร้างโครงสร้างอะโรมาติกที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาตัวยับยั้งโคเวเลนต์ที่ซึ่งไอโซธิโอไซยานัตทำหน้าที่เป็นหัวรบอิเล็กโทรฟิลิกที่เล็งเป้านิวคลิโอฟิลิกเรซิดิวในโปรตีน