DEAE–Sepharose ใช้กันอย่างแพร่หลายในการโครมาโตกราฟีสำหรับการทำให้บริสุทธิ์โปรตีน กรดนิวคลีอิก และชีวโมเลกุลอื่นๆ การประยุกต์ใช้ของมันเด่นชัดเป็นพิเศษในโครมาโตกราฟีแบบแลกเปลี่ยนไอออนติดลบ ซึ่งแยกโมเลกุลตามความแตกต่างของประจุ เช่น DNA, RNA และโปรตีนที่มีประจุลบ เนื่องจากมีกลุ่ม DEAE (Diethylaminoethyl) ที่มีประจุบวก มันถูกใช้อย่างทั่วไปในการทำให้บริสุทธิ์เอนไซม์ แอนติบอดี และโปรตีนพลาสมา ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าต่อการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชชีวภาพ นอกจากนี้ DEAE–Sepharose ยังถูกใช้ในการแยกชิ้นส่วน DNA หรือ RNA เฉพาะ ซึ่งช่วยในการศึกษาชีววิทยาโมเลกุล ความสามารถสูงและความเสถียรทำให้เหมาะสำหรับกระบวนการทำให้บริสุทธิ์ทั้งในระดับห้องปฏิบัติการและระดับอุตสาหกรรม รวมถึงการผลิตยาและวัคซีนเพื่อเพิ่มความบริสุทธิ์ของสารเป้าหมาย