4,6-Dichloroisatin ถูกใช้เป็นหลักเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น โรคลมชักและความวิตกกังวล เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมโมเลกุลชีวภาพที่มีศักยภาพต้านมะเร็ง เนื่องจากสามารถมีอิทธิพลต่อการเพิ่มจำนวนเซลล์และการตายของเซลล์ programmed สารประกอบนี้ยังถูกสำรวจในสาขาเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกใหม่ ซึ่งมีคุณค่าในการค้นพบยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ ความสามารถในการเกิดปฏิกิริยาที่หลากหลายทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการวิจัยเคมียารักษา