Methyl 5-methyl-1H-indole-2-carboxylate ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญสำหรับการพัฒนาสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น มีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์อินโดลต่างๆ ซึ่งสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ที่มีคุณสมบัติต้านการอักเสบ ต้านจุลินทรีย์ และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในด้านเคมีเกษตรสำหรับการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ซึ่งช่วยส่งเสริมความก้าวหน้าในการป้องกันพืชและเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร