สารละลายอัลิซารินเรดเอสมีการใช้งานหลักในการย้อมสีและเป็นตัวบ่งชี้ในงานวิเคราะห์ โดยเฉพาะในงานชีวเคมีและจุลชีววิทยา นิยมใช้ตรวจหาการมีอยู่ของแคลเซียมในเนื้อเยื่อชีวภาพ เนื่องจากสามารถจับกับแคลเซียมไอออนแล้วเปลี่ยนสีเป็นแดงสด ทำให้มองเห็นการสะสมของแคลเซียมในเซลล์หรือเนื้อเยื่อได้ชัดเจน เช่น ในการศึกษาการแคลเซียมตกตะกอนในเนื้อเยื่อกระดูกหรือฟัน นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อทดสอบปริมาณแร่ธาตุบางชนิดในสารละลาย โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านวัสดุศาสตร์และธรณีวิทยา ซึ่งต้องการตรวจสอบการตกตะกอนของโลหะไอออน เช่น แมกนีเซียม หรือแบเรียม ในอุตสาหกรรม สีย้อมจากอัลิซารินเรดเอสเคยใช้ในอดีตในการย้อมผ้า แม้ปัจจุบันจะลดลง แต่ยังมีการใช้ในงานศิลปะหรืองานหัตถกรรมที่ต้องการสีแดงธรรมชาติที่เข้มข้น