ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์อินดาโซลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรม โครงสร้างอินดาโซลที่ได้รับการป้องกันด้วย Boc ช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกสรรที่ตำแหน่งโบรโมและนิโตร ทำให้สามารถทำปฏิกิริยาครอส-คูปลิงแบบต่อเนื่อง เช่น Suzuki หรือ Buchwald–Hartwig amination ได้ มักใช้ในการพัฒนายับยั้ง kinase และตัวยารักษาอื่นๆ ที่เล็งเป้าไปที่โรคมะเร็งและโรคอักเสบ หมู่นิโตรสามารถถูกย่อให้เป็นอะมีนเพื่อการดัดแปลงเพิ่มเติม ซึ่งขยายประโยชน์ในการสังเคราะห์ไลบรารีสำหรับการค้นพบยา เสถียรภายใต้สภาวะการจัดการมาตรฐาน เหมาะสำหรับใช้ในเส้นทางสังเคราะห์หลายขั้นตอนที่ต้องการการถอดป้องกันแบบเลือกสรรและกลยุทธ์การคูปลิง