ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการป้องกันหมู่ไฮดรอกซี (hydroxyl group) ของแอลกอฮอล์ในโมเลกุลระหว่างขั้นตอนการสังเคราะห์สารประกอบที่ซับซ้อน เช่น ยา หรือสารชีวโมเลกุล เนื่องจากกลุ่ม tert-butyldiphenylsilyl (TBDPS) มีความคงตัวสูงต่อสภาวะที่เป็นเบสและบางชนิดของตัวทำปฏิกิริยา ทำให้สามารถคุ้มครองหมู่ -OH ได้ดีในหลายสภาวะปฏิกิริยา หลังจากนั้นสามารถกำจัดกลุ่มนี้ออกได้ภายใต้สภาวะที่เฉพาะเจาะจง เช่น การใช้ฟลูออไรด์ไอออน (F⁻) เพื่อให้ได้แอลกอฮอล์บริสุทธิ์คืนกลับมา จึงนิยมใช้ในสังเคราะห์สารธรรมชาติและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่ต้องการความแม่นยำสูง