แอมโมเนียมอะซิเตตถูกใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีวเคมีเป็นบัฟเฟอร์ที่ระเหยได้ง่ายในเครื่อง HPLC และ LC-MS เพื่อรักษาความเป็นกรด-ด่างให้คงที่ระหว่างการแยกสารโดยไม่ทิ้งสารตกค้างที่รบกวนการตรวจจับ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการทำให้บริสุทธิ์ โปรตีนตกตะกอน และการตกผลึกเนื่องจากเข้ากันได้ดีกับระบบชีวภาพ

ในการสังเคราะห์อินทรีย์ มันทำหน้าที่เป็นแหล่งกำเนิดแอมโมเนียในปฏิกิริยาต่างๆ เช่น การเตรียมอะซิเตมไดด์และปฏิกิริยา Ritter ในอุตสาหกรรมอาหาร แอมโมเนียมอะซิเตตใช้เป็นสารควบคุมความเป็นกรด (E264) เพื่อควบคุม pH และช่วยในการถนอมอาหาร

นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมยา การผลิตสีย้อม และเป็นสารเคมีวิเคราะห์ในห้องปฏิบัติการ