Loeffler Basic Methylene Blue Solution ใช้หลักในการย้อมสีในทางจุลชีววิทยา เพื่อช่วยในการตรวจสอบและระบุเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการย้อมสีแกรม (Gram staining) ซึ่งช่วยแยกแยะระหว่างแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบ นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมสีตัวอย่างทางคลินิก เช่น การตรวจหาเซลล์เม็ดเลือดขาวหรือเชื้อโรคในตัวอย่างเลือดหรือเนื้อเยื่อ การใช้งานนี้ช่วยให้สามารถสังเกตและวิเคราะห์โครงสร้างของเซลล์หรือจุลินทรีย์ได้ชัดเจนขึ้นภายใต้กล้องจุลทรรศน์