สารย้อมฮีมาทอกซิลินแบบดัดแปลงตามวิธีแฮร์ริส ใช้เป็นสารย้อมเซลล์ในห้องปฏิบัติการพยาธิวิทยา โดยเฉพาะในการย้อมตัวอย่างเนื้อเยื่อทางชีวภาพเพื่อการตรวจวินิจฉัยภายใต้กล้องจุลทรรศน์ สารย้อมนี้ทำหน้าที่ย้อมนิวเคลียสของเซลล์ให้เป็นสีน้ำเงิน-ดำ ทำให้มองเห็นโครงสร้างของนิวเคลียส เช่น นิวเคลียส นิวเคลียร์ หรือโครมาติน ได้อย่างชัดเจน นิยมใช้ร่วมกับสารย้อมเสริม เช่น อีโอซิน (Eosin) ในการย้อมแบบ H&E (Hematoxylin and Eosin) ซึ่งเป็นเทคนิคพื้นฐานและสำคัญที่สุดในการตรวจสอบเนื้อเยื่อทั้งในงานวิจัยและงานทางคลินิก ช่วยให้เห็นความแตกต่างระหว่างไซโตพลาสซึมที่ย้อมเป็นสีชมพูจากอีโอซิน และนิวเคลียสที่ย้อมเข้มจากฮีมาทอกซิลิน สารย้อมนี้เหมาะสำหรับการใช้งานในห้องปฏิบัติการที่ต้องการความแม่นยำในการสังเกตโครงสร้างเซลล์ และใช้ในการวินิจฉัยโรค เช่น มะเร็ง เนื้องอก หรือภาวะอักเสบ โดยให้ผลย้อมที่คมชัดและคงทนต่อการเก็บรักษาตัวอย่างในระยะยาว