ใช้สารละลายอะซีโตคาร์มีนเป็นสีย้อมในงานชีววิทยา โดยเฉพาะในการย้อมโครโมโซมเพื่อสังเกตโครงสร้างและการแบ่งเซลล์ เช่น ในการศึกษาไมโทซิสหรือไมโอซิสในเนื้อเยื่อพืชหรือสัตว์ เนื่องจากสีย้อมนี้สามารถจับกับดีเอ็นเอได้ดี ทำให้เห็นนิวเคลียสและโครโมโซมชัดเจนภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการศึกษาเพื่อตรวจสอบจำนวนโครโมโซมหรือความผิดปกติของโครโมโซมในตัวอย่างเซลล์ต่าง ๆ