Alcian Blue 8GX ใช้อย่างแพร่หลายในทางฮิสโตโลจีและพยาธิวิทยาสำหรับการย้อมสีโพลีแซคคาไรด์ที่เป็นกรด เช่น ไกลโคซามิโนไกลแคน ในเนื้อเยื่อ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพในการระบุมูซินในเนื้อเยื่อเยื่อบุ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าตในการวินิจฉัยภาวะเช่น เนื้องอกที่ผลิตมูซิน สีย้อมนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาองค์ประกอบของเมทริกซ์นอกเซลล์ กระดูกอ่อน และเนื้อเยื่อเกี่ยวพัน ความสามารถในการจับอย่างเลือกสรรกับไกลโคโปรตีนที่ถูกซัลเฟตและคาร์บอกซิเลตทำให้จำเป็นสำหรับการแสดงภาพโครงสร้างในตัวอย่างชีวภาพภายใต้กล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ ยังใช้ร่วมกับสีย้อมอื่นๆ เพื่อเพิ่มความเปรียบต่างและความจำเพาะในการวิเคราะห์เนื้อเยื่อ