ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและโมเลกุลชีวภาพที่มีกิจกรรมสูง โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมเพิ่มขึ้นและมี affinity ในการจับต่อสูง มักใช้ในการผลิตสารกำจัดเชื้อราและสารกำจัดวัชพืช เนื่องจากคุณสมบัติดึงอิเล็กตรอนของหมู่ trifluoromethyl ซึ่งช่วยเพิ่ม lipophilicity และความคงทนต่อสิ่งแวดล้อม นอกจากนี้ยังใช้ในเคมียารักษาเพื่อสร้างโครงสร้าง pyrimidine-based ในโปรแกรมค้นคว้ายาเป้าหมาย kinase inhibitors และตัวยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง