อินโดลิซีนถูกใช้เป็นโครงสร้างพื้นฐานในงานสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยา อินโดลิซีนมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพ ต้านการอักเสบ และต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในงานวิจัยด้านวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เช่น การผลิตสารเรืองแสงหรือวัสดุนำไฟฟ้าที่มีความเสถียร ซึ่งเหมาะสำหรับใช้ในอุปกรณ์แสดงผลและเซลล์แสงอาทิตย์