6-Chloroflavone มีการใช้งานในด้านการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในฐานะสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารต้านอนุมูลอิสระ ต้านการอักเสบ และต้านจุลชีพ สารนี้ยังถูกศึกษาเพื่อประเมินศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิด ซึ่งเกี่ยวข้องกับโรคเรื้อรังหลายชนิด เช่น มะเร็งและโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานหรือตัวติดตามในงานวิเคราะห์ทางเคมีในห้องปฏิบัติการวิจัย