ใช้ในการป้องกันและรักษาลิ่มเลือดอุดตัน โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีภาวะเกล็ดเลือดต่ำจากการใช้เฮพาริน (HIT) ซึ่งเป็นภาวะแทรกซ้อนจากการรักษาด้วยเฮพารินชนิดไม่แยกโมเลกุล (unfractionated heparin) หรือเฮพารินต่ำโมเลกุล (low molecular weight heparin) Argatroban ช่วยยับยั้งการทำงานของ thrombin ทำให้ลดการแข็งตัวของเลือดได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยมักใช้ในผู้ป่วยที่ต้องได้รับการฟอกเลือดด้วยเครื่อง (hemodialysis) หรือในผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงสูงต่อการเกิดลิ่มเลือดในหลอดเลือดดำหรือหลอดเลือดหัวใจ สามารถให้ทางหลอดเลือดดำและควบคุมระดับการยับยั้งการแข็งตัวของเลือดได้ง่าย โดยไม่ต้องอาศัยการตรวจสอบปัจจัยการแข็งตัวของเลือดที่ซับซ้อนมากนัก