Methyl 2,6-difluorobenzoate ใช้หลักเป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรกรรมต่างๆ โครงสร้างที่มีอะตอมฟลูออรีนทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรที่เพิ่มขึ้น ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ใช้ในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคเฉพาะ โดยเฉพาะยาที่ต้องการสารประกอบฟลูออรีนเพื่อประสิทธิภาพที่ดีขึ้น ในด้านสารเคมีเกษตร ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ซึ่งอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความทนทานของผลิตภัณฑ์สุดท้าย นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อเตรียมโมเลกุลซับซ้อนในงานวิจัยและพัฒนา