5-fluoro-indirubin ถูกนำมาใช้หลักในการวิจัยทางชีวการแพทย์ เนื่องจากมีฤทธิ์ยับยั้งเอนไซม์ kinases โดยเฉพาะอย่างยิ่ง glycogen synthase kinase-3β (GSK-3β) คุณสมบัตินี้ทำให้เป็นสารที่มีคุณค่าในการศึกษากระบวนการส่งสัญญาณภายในเซลล์ โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง โรคระบบประสาทเสื่อม และเบาหวาน ความสามารถในการปรับการดำเนินของวัฏจักรเซลล์และการตายของเซลล์ (apoptosis) ทำให้ถูกนำมาใช้ในการสำรวจกลยุทธ์การรักษาที่มีศักยภาพสำหรับภาวะเหล่านี้ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นเครื่องมือทางเคมีในชีววิทยาโมเลกุลเพื่อตรวจสอบบทบาทของ GSK-3β ในกระบวนการทางชีวภาพต่าง ๆ รวมถึงการแยกตัวของสเต็มเซลล์และการพัฒนาในตัวอ่อน อย่างไรก็ตาม การใช้งานยังอยู่ในขั้นตอนการทดลองและวิจัยเท่านั้น