Kifunensine ใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งเฉพาะเจาะจงของเอนไซม์ alpha-mannosidase I ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับเส้นทาง N-linked glycosylation โดยมีคุณค่าอย่างยิ่งในการศึกษาการประมวลผล glycoprotein เนื่องจากป้องกันการตัดแต่งของ mannose residues ส่งผลให้เกิดการสะสมของ high-mannose glycans คุณสมบัตินี้ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการตรวจสอบบทบาทของ glycosylation ในการพับตัวโปรตีน การควบคุมคุณภาพ และการทำงาน ในด้านเทคโนโลยีชีวภาพ kifunensine ถูกนำมาใช้ในการผลิต glycoprotein ที่มีโครงสร้าง high-mannose แบบสม่ำเสมอ ซึ่งสามารถเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพในการนำไปใช้ทาง درمانی เช่น การผลิตแอนติบอดีสำหรับการรักษามะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาวัคซีน โดยที่โครงสร้าง glycan เฉพาะเจาะจงมีความสำคัญต่อการกระตุ้นการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันที่มีประสิทธิภาพ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการศึกษาโปรตีนไวรัส เนื่องจากการ glycosylation มีบทบาทสำคัญในการเข้าของไวรัสและการหลบเลี่ยงภูมิคุ้มกัน ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกสำหรับการพัฒนายาต้านไวรัส