เฮปาราสแตตินถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษาผลยับยั้งต่อเฮปารานาส (heparanase) ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายเฮปารานซัลเฟต (heparan sulfate) โดยการยับยั้งเอนไซม์นี้ ช่วยในการทำความเข้าใจบทบาทของเฮปารานาสในกระบวนการทางชีวภาพต่างๆ รวมถึงการแพร่กระจายของเนื้องอก (tumor metastasis) การสร้างหลอดเลือดใหม่ (angiogenesis) และการอักเสบ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการพัฒนากลยุทธ์การรักษาที่มีศักยภาพ โดยมุ่งเป้าไปที่โรคที่มีการทำงานของเฮปารานาสผิดปกติ เช่น มะเร็งและโรคอักเสบ นอกจากนี้ ยังช่วยในการสำรวจการปรับเปลี่ยนส่วนประกอบของเมทริกซ์นอกเซลล์ (extracellular matrix) และผลกระทบต่อพฤติกรรมของเซลล์