6-Iodoquinazoline เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างควินาโซลีน ซึ่งมักใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถทำปฏิกิริยากับกลุ่มฟังก์ชันอื่น ๆ ได้ง่ายผ่านการแทนที่ของไอโอดีน ทำให้เหมาะสำหรับการสร้างสารอนุพันธ์ใหม่ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักถูกใช้ในปฏิกิริยาคอปเปอร์หรือแพลเลเดียมเป็นตัวเร่ง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนหรือคาร์บอน-ไนโตรเจน ซึ่งนำไปสู่การพัฒนาสารประกอบที่อาจมีฤทธิ์ยับยั้งตัวรับไทนีนไคส์ (tyrosine kinase) ที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ 6-Iodoquinazoline ยังใช้เป็นตัวกลางในการสร้างสารเรืองแสงหรือสารติดตามในงานวิจัยชีวโมเลกุล เนื่องจากสามารถดัดแปลงให้มีคุณสมบัติเรืองแสงหรือจับกับโปรตีนเฉพาะได้