Polyoxin B ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคเกษตรกรรมในฐานะสารกำจัดเชื้อรา โดยมีประสิทธิภาพสูงต่อเชื้อราโรคที่ทำลายพืชผล ใช้เพื่อปกป้องผลไม้ ผัก และพืชประดับจากโรคต่าง ๆ เช่น โรคราแป้ง โรคใบจุด และโรคใบไหม้ สารประกอบนี้ทำงานโดยยับยั้งการสังเคราะห์ไคติน ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของผนังเซลล์เชื้อรา จึงป้องกันการเจริญเติบโตและการแพร่กระจายของเชื้อรา กลไกการทำงานที่เจาะจงทำให้เป็นทางเลือกที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม เนื่องจากลดอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่เป้าหมาย นอกจากนี้ Polyoxin B ยังถูกนำเข้าในโปรแกรมการจัดการศัตรูพืชแบบผสมผสาน (IPM) เนื่องจากมีพิษต่ำและเข้ากันได้กับแมลงมีประโยชน์ ยังใช้ในการรักษาหลังการเก็บเกี่ยวเพื่อยืดอายุการเก็บรักษาผลผลิตโดยควบคุมการติดเชื้อราในระหว่างการเก็บรักษา