ฟูมาจิลลินใช้หลักในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและเลี้ยงผึ้งเพื่อควบคุมและรักษาการติดเชื้อไมโครสปอริเดียน ในด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ มีประสิทธิภาพต่อปรสิตเช่น Heterosporis และ Loma species ซึ่งสามารถติดเชื้อในปลาและส่งผลกระทบต่อสุขภาพและการเจริญเติบโต สำหรับการเลี้ยงผึ้ง ฟูมาจิลลินใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาโรค nosema ซึ่งเกิดจากปรสิตไมโครสปอริเดียน Nosema apis หรือ Nosema ceranae ที่ส่งผลต่อระบบทางเดินอาหารของผึ้งน้ำผึ้งและอาจนำไปสู่การล่มสลายของรัง การใช้สารนี้ช่วยรักษาสุขภาพของฝูงผึ้ง ซึ่งมีความสำคัญต่อการผสมเกสรและผลผลิตทางการเกษตร นอกจากนี้ ฟูมาจิลลินยังถูกศึกษาวิจัยในทางการแพทย์สำหรับคุณสมบัติต้านการสร้างหลอดเลือดใหม่ โดยเฉพาะในงานวิจัยมะเร็งที่อาจยับยั้งการเจริญเติบโตของหลอดเลือดที่เลี้ยงเนื้องอก อย่างไรก็ตาม การใช้ในมนุษย์ถูกจำกัดเนื่องจากปัญหาความเป็นพิษ