ใช้สารไธโอแฟนิท-เมทิลเป็นสารกำจัดเชื้อราในพืชเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อราในกลุ่มแอสโคไมเซตและดีเบซีมัยเซต เช่น โรคขอบใบเหลืองในข้าว โรคเหี่ยวในถั่ว โรคเน่าในผลไม้ และโรคสนิมในพืชผักหลายชนิด นิยมใช้พ่นหรือผสมกับดินเพื่อป้องกันการติดเชื้อในระยะเริ่มต้น มีประสิทธิภาพทั้งการรักษาและป้องกัน เนื่องจากสามารถซึมเข้าสู่เนื้อเยื่อพืชและกระจายตัวได้ดี จึงใช้กันอย่างแพร่หลายในพืชเศรษฐกิจ เช่น มะม่วง ส้ม กล้วย ข้าว และผักชนิดต่างๆ