ไซลินโดรสเปอร์ม็อปซินถูกใช้ในการศึกษาวิจัยด้านพิษวิทยาและนิเวศวิทยาของสาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงิน (cyanobacteria) เนื่องจากเป็นสารพิษที่ผลิตโดยสาหร่ายเหล่านี้ ซึ่งสามารถก่อให้เกิดผลกระทบต่อสุขภาพมนุษย์และสิ่งแวดล้อม การวิจัยนี้ช่วยในการเข้าใจกลไกการเกิดพิษและการแพร่กระจายของสารพิษในแหล่งน้ำ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการใช้ไซลินโดรสเปอร์ม็อปซินในทางการแพทย์เพื่อพัฒนาวิธีการตรวจสอบและรักษาผู้ที่ได้รับพิษจากสาหร่าย รวมถึงการพัฒนาวิธีการกรองหรือกำจัดสารพิษนี้จากน้ำดื่มเพื่อความปลอดภัยของประชาชน