โซเดียมเพนตาฟลูออโรโพรพิโอเนต ใช้หลัก ๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาหรือสารตัวกลาง การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีน ซึ่งมักนำไปใช้ในเภสัชภัณฑ์ สารเคมีเกษตร และวัสดุพิเศษ อะตอมฟลูออรีนของสารนี้ช่วยเพิ่มความเสถียร ชีวเภสัชจลนศาสตร์ และความต้านทานต่อการเผาผลาญของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ในงานวิจัยเภสัชกรรม สารนี้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ โดยเฉพาะในการออกแบบยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารลดแรงตึงผิวและสารเคลือบผิว ซึ่งโครงสร้างฟลูออรีนทุนทรัพย์คุณสมบัติพิเศษ เช่น การกันน้ำและน้ำมัน รวมถึงความต้านทานต่อสารเคมี