อนุภาค Hoechst 33258 เป็นสารที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยา เนื่องจากมีความสามารถในการจับเฉพาะกับดีเอ็นเอ โดยเฉพาะในร่องเล็กของลำดับ AT ที่อุดมสมบูรณ์ คุณสมบัตินี้ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในกล้องจุลทรรศน์เรืองแสงและ flow cytometry สำหรับการย้อมสีและแสดงภาพดีเอ็นเอในเซลล์ที่มีชีวิตหรือเซลล์ที่ยึดติดแล้ว มักใช้ในการวิเคราะห์วัฏจักรเซลล์เพื่อแยกแยะระยะต่าง ๆ ตามปริมาณดีเอ็นเอ นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมสีโครโมโซมและนิวเคลียสเพื่อศึกษากโครงสร้างและกระบวนการของเซลล์ คุณสมบัติการเรืองแสงยังเหมาะสำหรับการตรวจจับดีเอ็นเอในเจลอิเล็กโทรโฟรีซิสและเทคนิคชีววิทยาโมเลกุลอื่น ๆ ในด้านการค้นพบยา ใช้เป็นโปรบในการศึกษาการโต้ตอบของดีเอ็นเอกับสารประกอบบำบัดที่อาจเป็นไปได้