ไนล์เรดถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมเรืองแสงในการวิจัยทางชีววิทยาและเคมี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการย้อมและตรวจจับหยดไขมันในเซลล์ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่ากในการศึกษาการเผาผลาญและการเก็บสะสมลิพิด คุณสมบัติการเรืองแสงของสีย้อมในสภาพแวดล้อมที่ไม่ชอบน้ำช่วยให้นักวิจัยสามารถมองเห็นและวิเคราะห์การกระจายและการสะสมของลิพิดในเซลล์ประเภทต่าง ๆ นอกจากนี้ ไนล์เรดยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาสิ่งแวดล้อมเพื่อตรวจจับและวัดปริมาณไมโครพลาสติกในตัวอย่างน้ำ เนื่องจากความชอบต่อพื้นผิวที่ไม่ชอบน้ำ คุณสมบัติการเรืองแสงยังทำให้มีประโยชน์ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการวิเคราะห์โพลิเมอร์และอนุภาคนาโน โดยรวมแล้ว ไนล์เรดทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้ที่หลากหลายในงานประยุกต์ทั้งทางชีววิทยาและสิ่งแวดล้อม