5(6)-Carboxy-Hexachlorofluorescein ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารติดตามเรืองแสงในงานวิจัยทางชีวเคมีและการแพทย์ สารประกอบนี้ช่วยในการติดตามและแสดงภาพกระบวนการทางชีววิทยา ความเข้มของการเรืองแสงสูงทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากชีวโมเลกุล สามารถศึกษาการโต้ตอบและพลวัตของเซลล์ได้อย่างละเอียด นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในโฟลว์ไซโตเมทรีและจุลทรรศน์เรืองแสงเพื่อตรวจจับและวิเคราะห์เซลล์หรือโมเลกุลเฉพาะ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นโปรบที่ไวต่อ pH ใน assays ต่างๆ เพื่อช่วยวัดการเปลี่ยนแปลง pH ในระบบชีววิทยา ความเสถียรและความไวทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับการวินิจฉัยและการศึกษาเชิงทดลอง