Ani 9 ใช้หลักๆ เป็นโปรบฟลูออเรสเซนต์ในงานประยุกต์ทางชีวเคมีและการถ่ายภาพเซลล์ มันแสดงฟลูออเรสเซนต์ที่แรงในสภาพแวดล้อมที่ไม่ชอบน้ำ ทำให้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการศึกษาการพับตัวของโปรตีน ไดนามิกส์ของเมมเบรน และการก่อตัวของอะไมลอยด์ นักวิจัยใช้ Ani 9 เพื่อตรวจจับและติดตามการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของโปรตีน โดยเฉพาะในบริบทของโรคเสื่อมถอยของระบบประสาทที่การรวมตัวของโปรตีนมีบทบาทสำคัญ ความไวสูงต่อขั้วของสภาพแวดล้อมช่วยให้สามารถติดตามปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุลแบบเรียลไทม์ในเซลล์ที่มีชีวิตและระบบ in vitro นอกจากนี้ Ani 9 ยังถูกใช้ในแอสเซย์คัดกรองความสามารถสูงเพื่อระบุสารประกอบที่ปรับการรวมตัวของโปรตีน สนับสนุนความพยายามในการค้นพบยาที่มุ่งเป้าไปที่ภาวะเช่น โรคอัลไซเมอร์และพาร์กินสัน