5(6)-Aminofluorescein ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารติดตามแสงเรืองในการวิจัยทางชีววิทยาและเคมี การเรืองแสงที่แรงทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากและติดตามโมเลกุลในงานทดสอบต่างๆ เช่น การถ่ายภาพเซลล์และ flow cytometry นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษากิจกรรมของเอนไซม์ โดยสามารถทำหน้าที่เป็น substrate หรือ probe เพื่อตรวจสอบปฏิกิริยาทางชีวเคมี นอกจากนี้ยังใช้ในการตรวจสอบสิ่งแวดล้อมเพื่อติดตามการไหลของน้ำและการปนเปื้อน เนื่องจากสามารถตรวจจับได้สูงภายใต้แสง UV การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวินิจฉัยโรค ซึ่งช่วยในการตรวจจับโมเลกุลชีวภาพเฉพาะในตัวอย่างทางคลินิก