5-(6)-Carboxy-2',7'-dichlorofluorescein ถูกใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและเคมี โดยเฉพาะในด้านการติดตามและการตรวจสอบกระบวนการทางชีวภาพ เนื่องจากมีคุณสมบัติการเรืองแสงที่ไวต่อการเปลี่ยนแปลงของ pH และสภาพแวดล้อมทางเคมี จึงนิยมนำมาใช้เป็นตัวบ่งชี้ในเทคนิคการวัด pH ในเซลล์หรือตัวอย่างทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการศึกษาการขนส่งสารภายในเซลล์ และการวิเคราะห์ปฏิกิริยาทางชีวเคมีต่าง ๆ ในห้องปฏิบัติการ รวมถึงการประยุกต์ใช้ในเครื่องมือวิเคราะห์ทางวิทยาศาสตร์ เช่น เครื่องวัดการเรืองแสง (fluorometer) เพื่อเพิ่มความแม่นยำในการตรวจวัด