ไอโซอัลลอกซาซีนถูกนำมาใช้ในหลายด้าน โดยเฉพาะในด้านชีวเคมีและเภสัชวิทยา ในฐานะที่เป็นส่วนประกอบสำคัญของวิตามินบี 2 (ไรโบฟลาวิน) และโคเอนไซม์ FAD (ฟลาวินอะดีนีนไดนิวคลีโอไทด์) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในกระบวนการเมแทบอลิซึมของเซลล์ ช่วยในการเปลี่ยนสารอาหารเป็นพลังงาน นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการใช้ไอโซอัลลอกซาซีนในด้านการรักษาโรคบางชนิด เช่น โรคที่เกี่ยวข้องกับการขาดวิตามินบี 2 และโรคทางระบบประสาท อีกทั้งยังมีการวิจัยเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่ใช้ไอโซอัลลอกซาซีนเป็นส่วนประกอบเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษาโรคต่างๆ