แอมโมเนียมไบฟลูออไรด์ใช้กันอย่างแพร่หลายในกระบวนการทำความสะอาดและการกัดกร่อนในอุตสาหกรรม มันมีประสิทธิภาพสูงในการทำความสะอาดพื้นผิวโลหะ ขจัดออกไซด์ และเตรียมพื้นผิวสำหรับการบำบัดเพิ่มเติม ในอุตสาหกรรมแก้วและเซรามิก ใช้สำหรับการสร้างน้ำค้างแข็งและการกัดกร่อนแก้วเพื่อสร้างลวดลายตกแต่งหรือปรับปรุงการยึดเกาะสำหรับการเคลือบ

ในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์ มีบทบาทสำคัญในการทำความสะอาดและการกัดกร่อนเวเฟอร์ซิลิคอนระหว่างการผลิตเซมิคอนดักเตอร์ ในอุตสาหกรรมปิโตรเลียม ใช้สำหรับการการทำให้เป็นกรดบ่อน้ำมันเพื่อเพิ่มการผลิตโดยการละลายโครงสร้างหิน

นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบฟลูออรีนอื่นๆ เช่น อลูมิเนียมฟลูออไรด์ สามารถเป็นส่วนประกอบในสารละลายอิเล็กโทรไลต์สำหรับการชุบโลหะบางชนิด ความสามารถในการปล่อยกรดไฮโดรฟลูออริกทำให้มีคุณค่าในกระบวนการเคมีต่างๆ แม้ว่าจะต้องจัดการอย่างระมัดระวังเนื่องจากความเป็นกรดกัดกร่อน