ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันหมู่ไฮดรอกซี (protecting group) สำหรับแอลกอฮอล์ โดยเฉพาะในสังเคราะห์สารชีวโมเลกุล เช่น คาร์โบไฮเดรต หรือ ไกลโคซิด เนื่องจากหมู่ tert-butyldimethylsilyl (TBS) มีความเสถียรต่อสภาวะเบสและบางชนิดของตัวทำปฏิกิริยา ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งได้ดี หลังจากนั้นสามารถกำจัดหมู่ป้องกันนี้ออกได้ภายใต้สภาวะที่อ่อนโยน เช่น โดยใช้ฟลูออไรด์ไอออน (เช่น TBAF) ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียว (stepwise synthesis) ที่ต้องการความแม่นยำสูง