SET2 ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในสาขาเอพิจเนติกส์และชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการศึกษาการปรับเปลี่ยนฮิสโตน SET2 มีบทบาทสำคัญในการเมทิลเลชันของฮิสโตน H3 ที่ไลซีน 36 (H3K36me) ซึ่งเป็นเครื่องหมายเอพิจเนติกหลักที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมการถอดรหัสและกระบวนการซ่อมแซมดีเอ็นเอ นักวิจัยใช้ SET2 เพื่อศึกษาการมีส่วนร่วมของมันในกระบวนการแสดงออกของยีน โครงสร้างโครมาติน และการแยกตัวของเซลล์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนากลยุทธ์การรักษาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางเอพิจเนติกในโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง ซึ่งมักพบรูปแบบการเมทิลเลชันฮิสโตนที่ผิดปกติ การประยุกต์ใช้ของ SET2 ยังขยายไปสู่ชีววิทยาสังเคราะห์ โดยใช้ในการออกแบบสถานะโครมาตินสำหรับการศึกษากีโนมิกส์เชิงฟังก์ชัน