ใช้เป็นสารเคมีในปฏิกิริยาการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการฟอสโฟรีเลชันที่ต้องการการป้องกันและถอดป้องกันหมู่ฮีดรอกซิลอย่างเลือกสรร หมู่ไนโตรฟีนิลทำหน้าที่เป็นโครโมโฟอร์ ช่วยให้สามารถตรวจสอบความคืบหน้าของปฏิกิริยาได้ง่ายโดยการสเปกโทรสโกปี UV นิยมใช้ในการเตรียมเอสเตอร์ฟอสเฟตและอนุพันธ์นิวคลีโอไทด์สำหรับงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะฟอสฟาเทส เนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายคลึงกับซับสเตรตที่มีหมู่ฟอสเฟต สามารถใช้เป็นสารยับยั้งในระบบชีวภาพเพื่อศึกษาบทบาทของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการถ่ายโอนหมู่ฟอสเฟต และในปฏิกิริยาที่ต้องการตรวจสอบกลไกการฟอสโฟรีเลชันในหลอดทดลอง