FEN1-IN-3 ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการซ่อมแซมดีเอ็นเอ โดยเฉพาะในกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับเอนไซม์ FEN1 ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการตัดและแก้ไขข้อผิดพลาดของดีเอ็นเอในช่วงการจำลองตัวเอง สารนี้ถูกใช้เป็นสารยับยั้งเฉพาะเพื่อทำความเข้าใจบทบาทของ FEN1 ในเซลล์มะเร็ง และอาจนำไปสู่การพัฒนายาต้านมะเร็งที่มุ่งเป้าไปที่กลไกการซ่อมแซมดีเอ็นเอ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อประเมินศักยภาพของ FEN1-IN-3 ในการเพิ่มประสิทธิภาพของการรักษาด้วยเคมีบำบัดและรังสีบำบัด โดยการยับยั้งการซ่อมแซมดีเอ็นเอของเซลล์มะเร็ง ทำให้เซลล์เหล่านั้นอ่อนแอและไวต่อการรักษามากขึ้น